Човешкият микробиом Харисън

Отказ от отговорност: Тези цитати са генерирани автоматично въз основа на информацията, която получаваме и може да не са 100% точни. Консултирайте се с официалното ръководство за стил, ако имате въпроси относно точността на форматирането.

Изтеглете файла с цитат:

Съдържание на главата

ВЪВЕДЕНИЕ
ИНСТРУМЕНТИ ЗА МЕТАГЕНОМИЧЕН АНАЛИЗ НА ЧОВЕШКИТЕ МИКРОБНИ ОБЩНОСТИ
ЕКОЛОГИЧНИ ПРИНЦИПИ И ПАРАМЕТРИ ЗА СРАВНЕНИЕ НА МИКРОБНИ ОБЩНОСТИ
УСТАНОВЯВАНЕ НА ПРИЧИННИ ВЗАИМООТНОШЕНИЯ МЕЖДУ ЧРЕВНИТЕ МИКРОБИОТИ И НОРМАЛНИ ФИЗИОЛОГИЧНИ, МЕТАБОЛНИ И ИМУНОЛОГИЧНИ ФЕНОТИПИ, СЪЩО СЪС СЪСТОЯНИЕТО НА БОЛЕСТИТЕ
НАПРЕДЪК
РЕЗЮМЕ

Пълна глава
Фигури
Картина
Видеоклипове
Допълнителни ресурси

ВЪВЕДЕНИЕ

Технологиите, които ни позволиха да дешифрираме човешкия геном, революционизираха способността ни да определяме състава и функциите на микробните общности, които колонизират телата ни и изграждат нашата микробиота.. Всяко местообитание на тялото, включително кожата, носа, устата, дихателните пътища, храносмилателния тракт и вагината, е домакин на отличителна общност от микроби. Усилията да се разбере нашата микробиота и нейната колекция от микробни гени (нашият микробиом) променят нашето виждане за „себе си“ и задълбочават разбирането ни за много нормални физиологични, метаболитни и имунни характеристики и техните междуличностни и вътрешноличностни вариации. Освен това, тази област на изследване започва да предоставя нова перспектива за болестите, за които вече е известно, че имат микробни „сътрудници“ и предлага нови стратегии за лечение и превенция. Ключовите термини, използвани в прегледа на човешкия микробиом, са дефинирани в Таблица 86д-1.

Речник на термините, използвани при обсъждането на човешкия микробиом

Независим анализ на посевите

Тип анализ, при който не се изисква отглеждане на микроби, но информацията се извлича директно от проби от околната среда

Разнообразие (алфа и бета)

Алфа разнообразие измерва ефективния брой видове (видове организми) на ниво местообитания, обекти или отделни проби. Бета разнообразие измерва разликите в броя на видовете организми в местообитания, обекти или проби

Домейни на живота

Трите основни царства на живота на Земята: Евкария (включително хората), Бактерии и Архея

Всяко вредно състояние, което възниква от структурна или функционална аберация, или и двете, в една или повече от микробните съобщества на организмите гостоприемници

Отглеждане на животни при стерилни условия (без микроби). По-късно тези животни могат да бъдат колонизирани на различни етапи от жизнения цикъл с определени колекции от микроби.

Биологичната единица, състояща се от гостоприемник и всички негови вътрешни и външни симбионти, генни репертоари и функции

В екологията, биом се отнася до местообитанието и организмите в него. В този смисъл микробиома Човекът би се определил като колекция от микроорганизми, свързани с човешкото тяло. Терминът микробиом обаче се използва и за обозначаване на колектива от геноми и гени, присъстващи в членовете на дадена микробиота (вж. „Микробиота“ по-долу), и метагенома Човешкият е сумата от човешкия геном и микробните гени (микробиом). Централен човешки микробиом той се определя като всичко, споделено в дадено местообитание на тялото между всички или по-голямата част от човешките микробиоми. Основният микробиом може да включва общ набор от геноми и гени, които кодират различни протеинови семейства или метаболитни способности, или и двете. Микробните гени, които са различно представени при различни хора, могат да допринесат за характерни физиологични или метаболитни фенотипове

Нововъзникващо поле, включващо независими от култури изследвания на структурите и функциите на микробните общности, както и на взаимодействията на тези общности с местообитанията, които заемат. Метагеномиката включва 1) секвениране на пушка на микробна ДНК, изолирана директно от дадена среда и 2) високопроизводителен скрининг на експресионни библиотеки, изградени от ДНК от клонирани общности, за идентифициране на специфични функции като антибиотична резистентност (функционална метагеномика). Анализът на ниво ДНК осигурява основата за профилиране на иРНК и протеини, произведени от микробиом (метатранскриптомика и метапротеомика) и за идентифициране на общностна метаболитна мрежа (метаметаболомика)

Проследяване на микробни източници

Колекция от методи за оценка на домашната среда за микроби. Един метод, SourceTracker, използва байесов подход за идентифициране на всеки произход на бактериален таксон и оценява дела на всяка общност, съставена от бактерии, които произхождат от различни среди.

Микробна общност - включително бактерии, архея, еукария и вируси - заема дадено местообитание