PDF Еволюционна динамика на РНК вируси - Безплатно изтегляне в PDF

Кратко описание

1 Еволюционна динамика на РНК вируса Самуел Ойоснегрос Мартос 14 ноември 2008 г. ДОКТОРСКА ТЕЗА Universidad Aut & o.

динамика

Описание

Еволюционна динамика на РНК вируси Самуел Ойоснегрос Мартос 14 ноември 2008 г.

ДОКТОРАЛНА ТЕЗА Universidad Aut´ onoma de Madrid Факултет на науките Департамент по молекулярна биология

Доклад, представен от завършилия биология Самуел Ойоснегрос Мартос, за да кандидатства за докторска степен от Автономния университет в Мадрид. Мадрид, ноември 2008 г.

Работата, представена в тази докторска дисертация, е извършена в Центъра за молекулярна биология "Severo Ochoa", под ръководството на д-р Естебан Доминго Соланс и е финансирана от докторантска стипендия за университетско обучение на кадри (FPU) на Министерството на образованието и наука.

На Серджо На моите родители

Благодаря на всички ви. РНКазите не съществуват, тотална наука. тотална наука.

SBF: Фетален говежди серум SDD: Зависима от плътността селекция SPC: Поликлонален серумен СПИН: Синдром на придобита имунна недостатъчност ST: Стандартен геном 5 'UTR и 3' UTR: Непреведени региони на 5 'и 3' края, съответно VFA: Foot- вирус на болестта на устата и устата HCV: Вирус на хепатит С HIV-1: Вирус на човешка имунна недостатъчност тип 1 VSV: Вирус на везикуларен стоматит ∆: Делеция

ACM: моноклонално антитяло AZC: 5-азацитидин (AZC) BHK-21: бъбречни клетки на хамстер (бъбрек на бебе хамстер) cDNA: ДНК копие d: средно разстояние DEAE: диетил аминоетил Df: степени на свобода, степени на свобода DIs: дефектни смущаващи частици DMEM: Модифицираната от Dulbecco's Eagle минимална ДНК: Дезоксирибонуклеинова киселина dNTP: 2'-деоксинуклеозид-5'-трифосфат ecp: Цитопатичен ефект EDTA: Етил В диамин тетрацетат FA: болест на шап FU: 5-Флуороурацил G: Гуанидининум hpe: Часове след електропорация IRES: Вътрешно място за влизане на рибозома Kb, Pb: Килобази, базови двойки LCMV: Миши лимфоцитен хориоменингит вирус M: Моларен MDI: Множество инфекция MP: Максимална парасимония MV: Максимална вероятност NJ: присъединяване на съседи nt: Нуклеотид PAQ: Анализ на разпределението на квазивидовете PBS: Буфериран с фосфат физиологичен разтвор PCR: Полимеразна верижна реакция PFU: D-образуващи единици плоча PolyA: Полиаденилат PolyC: Полицирибоцитидилат PV: Полиовирус R: Рибавирин ´ РНК: Рибонуклеинова киселина RpRd: РНК полимераза зависима РНК RT: Ретро транскриптаза RT-PCR: Реакция на обратна транскрипция, последвана от SARS полимеразна верига: Остър тежък дихателен синдром

Код на аминокиселината A (Ala) Аланин I (Ile) Изолевцин R (Arg) Аргинин C (Cys) Цистеин K (Lys) Лизин S (Ser) Серин D (Asp) Аспартичен L (Leu) Левцин T (Thr) Треонин E (Glu) Глутамин M (Met) Метионин V (Val) Валин F (Phe) Фенилаланин N (Asn) Аспарагин W (Trp) Trypt´ ofano G (Gly) Глицин P (Pro) Пролин Y (Tyr) Тирозин H (His ) Хистидин Q (Gln) глутамин

Индекс 1. Резюме (резюме на английски)

15 15 15 15 17 17 18 19 19 21 22 23 24 25 25 25 26 28

4. Материали и методи 4.1. Еукариотна клетъчна култура. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.2. Използвани варианти на VFA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3. Инфекции . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3.1. Инфекции в течна среда на клетъчни монослоеве. . . . . . . . . . . . . 4.3.2. Покриване на вируса върху полутвърда агарова среда в клетки BHK-21. . . . . . 4.3.3. Корекция на титъра при нанасяне на популации от дефекти, които заразяват чрез допълване на два вида частици . . . . . . . . . . .

28 30 30 30 30 31 31 31 32 33 33 34 37

40 40 40 41 41 42

43 43 43 43 44 44 44 44 45 45 45 45 45 45 46 46 46 46 49 49 50 51 51 51 52 52 52 54 54 56 56 56 57 57 57 57 58 58 59 59

112 112 113 113 114 114

. 114. 115. 115. 116. 116. 117. 117. 118. 118 . . . . . . .

119 120 121 121 121 122 123 123

8. Филогенетично приложение

9. Математическо приложение: основен модел на вирусна динамика в 9.1. Съревнование на два вируса в клетъчната култура. . . . . . . . . 9.2. In silico динамика спрямо in vitro динамика. . . . . . . . . . . 9.2.1. Първоначални условия. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.2.2. Определяне на количеството на вируса. . . . . . . . . 9.2.3. Моделни прогнози и експериментални резултати. 9.3. Параметри на модела. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4. Математически анализ. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4.1. Закон за опазване. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4.2. Пространство на параметрите . . . . . . . . . . . . . . . . . .