Структурата на кулата на Херкулес
Упадъкът на Римската империя и търговията започнаха упадъка на големите морски пътища, така че фар започна дълъг процес на изоставяне, разруха и грабеж, продължил през Високото средновековие. Въпреки че беше много вероятно тя да не светне, кулата продължи да бъде първокласна забележителност за крайбрежно корабоплаване, осъществявано с малки лодки, които станаха относително интензивни във вътрешни води като галисийските устия.
По време на нормандските нашествия, през втората половина на 9-ти век, поради външни заплахи и спад в търговията и пристанищната дейност, ядрото на Бригантиум е практически изоставено от населението му, което се премества в по-сигурно селище, разположено на дъно на устието. Останките от фара са били използвани като силно защитна кула за наблюдение.
В късното средновековие страхът от нашествие по море намалява и има повторно активиране на търговията и пренаселване на бреговата линия. Хартата на Пуебла, дадена от Алфонсо IX през 1208 г., предполага основаването на нов град. Кулата все още е наблюдателна кула и служи като морски фар.
В края на същия век Алфонсо X публикува своята История на Испания. В един от пасажите си, смесвайки реалността, легендата и класическия мит за Херкулес, той поставя сблъсъка си с гиганта Герион в Атлантическия финиш тера. След като убива врага си, Херкулес го погребва на морския бряг и изгражда фар-кула над гроба му, в допълнение към основаването на град Круния. От 13 век нататък фарът запазва това име.
Разрушените части на фара са били използвани като каменна кариера за строежите на града до 16 век, когато тяхното ограбване е забранено. През втората половина на века е построено вътрешно дървено стълбище, което позволява достъп до фенера на фара през камерите, тъй като външната рампа е напълно изчезнала.
Много е възможно по това време той да бъде пуснат отново в експлоатация като морски сигнал, като се има предвид, че морският трафик за търговия между Европа и Америка се е засилил, което прави Ла Коруня стратегическо пристанище в Атлантическия океан. В края на седемнадесети век се насърчава възстановяването на кулата, така че фарът да функционира отново непрекъснато. Губернаторът на кралство Галисия, Дуке дьо Уседа, възложи на майстора Амаро Антунес да извърши проекта за ремонт, който се състоеше от изграждането на ново дървено стълбище, което да замести направеното през 16 век и което позволяваше достъп до ротондата на кулата вътре в сградата през камерите. За преминаването на споменатото стълбище беше необходимо да се пробият три от римските сводове. Това решава достъпа до върха на кулата след загубата на външната рампа, която е изчезнала поради изтичането на времето и непрекъснатото разграбване на материали, използвани в други конструкции.
В същата работа на финалната платформа на сградата са построени две кули, увенчани от два фенера, където все още са запазени останките от римската ротонда, фарът възстановява светлината си. Решението, тъй като беше скромно, не беше окончателно и от 1730 г. нататък отново се повдигна необходимостта от цялостното му реформиране, като се изготвят различни доклади и проекти за неговото състояние и ремонт.
През 1788 г. крал Карлос III нарежда възстановяването на кулата, извършено от военния инженер Еустакио Джанини, подпомаган от Хосе Корниде. По това време сградата е запазила само от римските произведения вътрешната четириъгълна структура на камерите и старата горна ротонда, която е била реновирана през 17 век. Проектът се състоеше от поддръжката и общото укрепване на основното призматично тяло, към което върху четирите му фасади беше добавена каменна облицовка, която скриваше римските стени под този плик. По този начин, под обновения външен вид, първоначалната структура е запазена и благодарение на това тя е запазена до днес. Интервенцията зачита римската руина, оценявайки я като уникално свидетелство за древното инженерство. Това възхищение от построеното го накарало да отбележи намесата си, въвеждайки малки черни камъни, които служат като свидетели на реставрацията, което дава възможност да се идентифицират точките, където е била променена оригиналната структура.
Проектът запази отвън паметта на старата рампа, която в древността позволяваше изкачването до фенера чрез осигуряване на възходяща винтова лента, която минава по фасадите му; и изградиха новото покритие по такъв начин, че осмоъгълните стълбове на така наречената стая на Джанини да маркират периметъра на римската ротонда.
Фасадите се състоят от долен цокъл и четири гладки корнизи в ъглите. По отношение на отворите той проектира чифт прозорци с прахозащитни капаци, които са разпределени по четирите фасади и отвори само тези, които съответстват на съществуващите ниши, останалите са слепи.
Вътре проектът зачиташе конфигурацията на четирите сводести камери, разположени върху три нива на римската конструкция. Необходимостта да се направи изкачването до фенера удобно и функционално, наложи пробиване на сводовете, за да се направи място за по-удобно каменно стълбище, заместващо онова, построено по времето на херцога на Учеда. Римското кръгово движение, което все още беше запазено, макар и много модифицирано, беше разрушено, за да модернизира сигналната система на фара. Тъй като не може да се възползва от съществуващата структура, е проектиран нов нов състав, базиран на суперпозицията на две осмоъгълни тела. Завършиха работата, двете бронзови плочи, отбелязващи възстановяването на фара, бяха поставени на вратите за достъп до кулата.