Последователност на азиатския геном на чернодробния метил интервю с Dr.
Внимание: Тази страница е превод на тази страница първоначално на английски. Моля, обърнете внимание, тъй като преводите се генерират от машини, не че всички преводи ще бъдат перфектни. Този уебсайт и неговите страници са предназначени за четене на английски език. Всички преводи на този уебсайт и неговите уеб страници могат да бъдат неточни и неточни изцяло или частично. Този превод е предоставен за удобство.
¿Можете ли да дадете кратко представяне на азиатския чернодробен метил, Opisthorchis viverrini? Как този паразит заразява хората?
Opisthorchis viverrini е ендемичен паразит на плоския червей (или чернодробен метил) в Тайланд, Лаосската народнодемократична република, Виетнам и Камбоджа. Хората са заразени с този паразит, когато ядат камбала, закопчана в неправилно приготвена/консервирана сладководна риба.
Веднъж изядени, стадият на ларвите навлиза в човешкия жлъчен канал, където се развива в възрастен човек, пребиваващ в жлъчния канал в продължение на няколко години. Възрастните произвеждат яйца, които преминават по изпражненията, навлизат в сладководни води и се поглъщат от воден гостоприемник охлюв.
Вътре в охлюва тези паразити се развиват в разсейващ се стадий, който оставя охлюва и енцистира в мускула на сладководни риби, завършвайки сложния им жизнен цикъл.
Настоящият бюджет предполага, че близо 10 милиона души са заразени с тези паразити в цяла Югоизточна Азия.
При човешката описторхоза на жлъчните пътища причинява, viverrini del O., заболяване, свързано с увеличен черен дроб, възпаление на черния дроб и рак на черния дроб (холангиокарцином; CCA), фатален рак на билиарното дърво, с много лоша прогноза.
Допринася ли този паразит за рак на черния дроб?
Opisthorchis viverrini той е класифициран като канцероген от клас I. Все още не знаем точните механизми, които участват, въпреки че изследователите смятат, че няколко фактора допринасят за развитието на рак.
Например, възпалението на гостоприемника, причинено от клетъчно увреждане или клетъчна смърт, свързано с хранене на паразити и/или агрегация, вероятно допринася за канцерогенезата.
Освен това, скорошни доказателства сочат това viverrini del O. секретират протеини, които пряко насърчават клетъчния растеж и развитието на тумора.
Друг фактор, за който се смята, че допринася за туморогенезата, е увреждането на ДНК, причинено от диета, богата на нитрозамини, мощен човешки канцероген от клас I. Заедно тези фактори създават „перфектна буря“ в човешкия жлъчен канал, което води до висока честота на черния дроб рак.
Наскоро бе съобщено, че геномът на живата азиатска камбала е сортиран. Какво означава това?
Международният екип, включващ паразитолози и експерти по геномика от Университета в Мелбърн (Австралия), Сингапурския институт за геном (Сингапур), Университета Khon Kaen (Тайланд) и Пекинския институт за геномика (Китай), участва в геномната последователност и анотиране.
Първо извлечихме геномна ДНК от viverrini del O. и ние използваме машини за секвениране с висока производителност, за да създадем опаковката от над 60 геномни гънки като малки серийни фрагменти. След това тези малки фрагменти бяха монтирани на геномни скелета. В тези големи скелета на генома, всеки регион на гена беше определен и анотиран.
След това бяха използвани редица инструменти за предсказване на функцията на всеки ген в viverrini del O., включително ключови молекули, свързани с метаболизма и тяхната адаптация към живота в човешкия жлъчен канал.
Кои бяха основните предизвикателства при характеризирането на най-големия изучен досега геном на паразитни червеи?
Най-голямото предизвикателство беше наличието на голям брой ретранслаторни елементи, открити в геномната ДНК на viverrini del O.
Например само 3,4% от генома съдържат генетични кодиращи информация протеини. За разлика от тях, повече от 30% от генома съдържат повтарящи се елементи, присъстващи на повече от едно място в генома. Този монтаж означаваше, че е предизвикателен.
За щастие успяхме да използваме новия софтуер (наречен Opera), разработен от нашите сътрудници от Сингапурския институт по геномика.
Използвайки операта, ние създадохме висококачествен геном за въздушен поток, за да оценим функционално фиксирания ген и получихме жизненоважна информация за фундаменталната молекулярна биология на този паразит, включително идентифицирането на основни пътища, свързващи взаимодействията червей-гостоприемник.
Какво разбиране предлага това изследване за това как камбалата оцелява в човешкия жлъчен канал?
Нашето проучване показа, че тези паразити са силно адаптирани към живота в черния дроб, носейки техния брой в жлъчния канал до 10 години.
Например той viverrini del O. е адаптиран да оцелява в среда с ниско съдържание на кислород и е вещ в детоксикацията на вредни състави, като свободни радикали на кислород, освободени в жлъчката по време на липидна пероксидация.
Метаболитните профили на тези паразити също предполагат адаптация за въвеждане в епителните клетки и/или компоненти на жлъчката, които са богати на сложни липиди и протеини. Избягването на имунния отговор от гостоприемника също е важно за тези паразити, особено ако възпалението произтича от клетъчно увреждане, причинено от хранене и/или агрегация. Нашите данни показват, че няколко секретирани молекули могат да модулират имунния отговор на гостоприемника.