Диетичната адаптация при кучето отразява разпространението на праисторическото земеделие - наследствеността

кучето

  • Субекти
  • Обобщение
  • Въведение
  • материали и методи
  • Проби
  • Извличане на ДНК
  • Номер на копие на есе
  • Географски произход на кучетата.
  • Регионален анализ на CNV
  • Резултати
  • Вариация общ AMY2B във вълк, златен чакал, койот и куче
  • Разпределението на броя копия при кучетата е свързано с разпространението на праисторическото земеделие
  • Местни кучета
  • Европейски кучета
  • Дискусия
  • The копие на номера на AMY2B умножено по пет по време на опитомяването на кучета
  • The разширяване на броя на копията AMY2B е корелира с разпространението на праисторическото земеделие
  • Файл с данни
  • Допълнителна информация
  • Файлове с изображения
  • Допълнителна фигура 1
  • Допълнителна фигура 2
  • Excel файлове
  • Допълнителна таблица 1
  • Допълнителна таблица 2
  • Допълнителна таблица 3
  • Word документи
  • Допълнителни легенди

Субекти

  • Животновъдство
  • Еволюционна генетика

Обобщение

Въведение

Ако диетата на кучетата се промени по време на неолитната революция, е малко вероятно тя да е свързана с първоначалното опитомяване, тъй като този процес вероятно е започнал (11 000–40 000 YBP) преди развитието на земеделието (10 000–12 000 YBP) (Freedman et al., 2014). По същия начин, въпреки че по-ранна промяна в диетата би била в съответствие с времето преди опитомяването на кучетата преди земеделието, липсата на разширяване на броя копия на AMY2B в австралийските динго и някои арктически кучета също предполага, че промяната в диетата може да не е била свързана с първоначално опитомяване, но по-скоро свързана с по-късна промяна в човешкото съществуване (Arendt et al., 2014; Freedman et al., 2014).

За да увеличим нашето разбиране за това как промяната в диетата на кучето е свързана с процеса на опитомяване и промените в човешкия живот, проведохме първото глобално проучване на AMY2B CNV, използвайки точни и надеждни методи за количествено определяне на ДНК. По този начин получаваме първото подробно изображение на разширяването на номера на копие на AMY2B, което ни позволява да проучим адаптацията на кучешкото нишесте в регионален мащаб и в светлината на алтернативни човешки стратегии за съществуване.

материали и методи

Проби

За да се даде възможност за подробен анализ на разпространението на броя на копията на AMY2B в цялата популация кучета, ние събрахме проби от устни или кръвни тампони от 221 кучета, 95 от които представляват местни кучета от цял ​​свят, включително 25 австралийски динго., И 126 от които представляват порода кучета. Включихме също 171 кучета (включително 19 местни кучета от Гренландия), които преди това бяха генотипирани за номера на копия на AMY2B (Arendt et al., 2014), използвайки същия метод, използван в това проучване. В това проучване са анализирани общо 392 кучета, представляващи 96 различни породи и местни кучета (допълнителна таблица 1). За да анализираме произхода на разширяването на броя копия на AMY2B, анализирахме и проби от тъкан или кръв от 5 български златни чакала, 1 койот (от Минесота) и общо 51 вълка от Африка (n = 1), Хърватия (9), Естония (8), Израел (4), Швеция (1), Дания (1) и Съединените щати (12) и 15 вълка от популацията на шведските зоопаркове, произхождащи от естествени популации на вълци в Балтийския регион (Швеция, Финландия, Естония, Латвия и Русия) (допълнителна таблица 2).

Извличане на ДНК

ДНК беше извлечена от EDTA кръв с помощта на ръчно извличане на сол или QIASymphony DNA Midi комплект (Qiagen, Venlo, Холандия) на робота QIASymphony (Qiagen). ДНК беше извлечена от мускулната тъкан с помощта на DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen). Букални проби от цитонамазка се съхраняват върху FTA карти, от които впоследствие се елуира ДНК, като се използва метод на кипене, както следва: първо, 2-3 пробиви от всяка FTA карта се поставят в епруветка и се измиват три пъти в 180 µl ddH20; второ, елуирането се извършва чрез добавяне на 25 μl ddH20 към всяка проба и кипене в продължение на 30 минути при 95 ° C.

Номер на копие на есе

Географски произход на кучетата.

Произходът на 114 индивида, представляващи местни кучета (посочени като „местни жители“ в допълнителна таблица 1) е установен на мястото за вземане на проби. Тези кучета са събрани от селските райони с малък приток на чуждестранни кучета с мотива, че съществуващите кучета вероятно представляват първоначалната популация. Чистопородните кучета са получили географски произход според Federation Cynologique International (//www.fci.be) (Допълнителна таблица 1) със следните изключения: първо, три чистокръвни кучета, взети проби в Япония (Kawakami-Dog, Ryukyu и Satsuma-Dog), един в Киргизстан (афганистанска хрътка) и един в Русия (Stepnaya) не бяха признати от Международната кинологична федерация, но въпреки това им бе определена държавата на произход въз основа на техния добре установен местен статус; Второ, американските стафордширски териери, ретривърите за патица от Нова Скотия и австралийските териери бяха класифицирани като европейски, предвид скорошния им произход в общества, основани съответно от европейски заселници в Северна Америка и Австралия.