Разпознаване на селективен сензороператор в отговор на регулаторите на едновалентни метали в

Текстът завършен

(1) ФАКУЛТЕТ ПО БИОХИМИЧНИ И ФАРМАЦЕВТИЧНИ НАУКИ UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO. Институт по молекулярна и клетъчна биология на Росарио. Докторска дисертация по биологични науки. Селективно разпознаване на сензор/оператор в моновалентни регулатори на реакция на метал в Salmonella enterica. Представено от: лиценз Мария Виктория Хумберт Режисьор: д-р Фернандо С. Сончини. Росарио, Аржентина 2014.

отговор

(2) 1. Селективно разпознаване на сензор/оператор в моновалентни регулатори на реакция на метал в Salmonella enterica. Мария Виктория Хумбърт Завършила биотехнологичен факултет по биохимични и фармацевтични науки Национален университет в Росарио. Тази дипломна работа е представена като част от изискванията за придобиване на академична степен на доктор на биологичните науки от Националния университет в Росарио и не е представяна преди това за получаване на друга степен в този или друг университет. Той съдържа резултатите, получени в изследвания, проведени в Института по молекулярна и клетъчна биология на Росарио (IBR-CONICET), област Молекулярна биология на патогенни микроорганизми, в зависимост от Факултета по биохимични и фармацевтични науки, в периода между 04 юни 2009 г. и 27 март 2014 г. под ръководството на д-р Фернандо С. Сончини.

(3) 2. На моето семейство и приятели.

(6) Индекс. ИНДЕКС СЪКРАЩЕНИЯ. 10. ВЪВЕДЕНИЕ. 13. 1. Родът Salmonella 1.1. Инфекциозен цикъл на салмонела и оцеляване в околната среда. 14 15. 2. Родът Escherichia. 16. 3. Salmonella enterica и Escherichia coli като модели за изследване. 17. 4. Транскрипционни регулатори. 18. 4.1. Семейство MerR на транскрипционни регулатори. 18. 4.2. Структура на регулаторите от семейство MerR. 19. 4.2.1 HTH домейн: общ знаменател в транскрипционните регулатори 4.3. MerR регулатори и тяхното взаимодействие с ДНК. 20 23. 4.3.1 Типични регулатори на MerR: класическа парадигма на регулиране на транскрипцията 4.3.2 Неконвенционални регулатори на MerR. 23 26. 4.3.2.1 CarA/CarS регулатори. 28. 4.3.2.2 Регулатори на LitR. 31. 4.3.2.3 Регулатори MlrA. 32. 4.3.2.4 BluR регулатори. 37. 4.3.2.5 Hsp_2 регулатори. 37. 5. Метали: основни, несъществени и токсични. 38. 5.1. Класификация на металите. 38. 5.2. Стратегии на хомеостазата/устойчивост на преходни метали. 39. 6. Медна хомеостаза 6.1. 6.2. Медна хомеостаза при Е. coli. 40 41. 6.1.1 Регулаторът. 42. 6.1.2 Регулонът. 43. 6.1.3 Алтернативната система за устойчивост на мед PcoABCD. 44. Медна хомеостаза при салмонела 6.2.1 Регулонът на репликата. 45 45. 5.

(10) Индекс. 2.1. Високите нива на STM1266 намаляват подвижността. 149. 2.2. Свръхекспресията на STM1266 стимулира образуването на биофилми. 150. 2.3. Индукцията на STM1266 увеличава производството и секрецията. 2.4. на целулоза. 152. Високите нива на STM1266 придават устойчивост на стрептомицин. 153. 3. STM1266 и неговото значение в регулирането на образуването на биофилми. 155. Дискусия. 158. 1. Сравнителен анализ на транскрипционната регулация на csgD при Е. coli и S. enterica. 159. 2. Протеини с GGDEF домейни: положителна регулация на csgD. 164. 3. Протеини с EAL домейни: отрицателна регулация на csgD. 166. ОБЩИ ЗАКЛЮЧЕНИЯ. 168. РЕЗЮМЕ. 174. БИБЛИОГРАФСКА ЛИТЕРАТУРА. 176. 9.

(11) Съкращения. Съкращения А. Усилватели. Коремни мускули. Абсорбция ДНК. Дезоксирибонуклеинова киселина. AHL. N-ацил-хомосерин лактон. Усилвател Ампицилин. РНК. Рибонуклеинова киселина. ARNPol. РНК полимераза. ATP. Аденозин 5´ трифосфат. BCIP. 5-бромо, 4-хлоро, 3-индофосфат. BSA. Говежди серумен албумин. Cbl. Кобаламин. c-di-GMP. бис- (3 '; 5') -гуанозин цикличен монофосфат. Вж. Крайна концентрация. Ci. Кюри. CIM. Минимална инхибиторна концентрация. См. Левомицетин. С-терминал. Карбоксил-терминал. DGC. Дигуанилат циклаза. DNase I. Дезоксирибонуклеаза I. DTT. Дитиотреитол. ЕО. Ешерихия коли. EGTA. Етилен гликол бис (β-аминоетил етер) N, N, N ', N'-тетраоцетна киселина. EMSA. Тест за забавяне на електрофоретичната подвижност. Стрептокок. Стрептомицин. Fw. Директен. 10.

(12) Съкращения g. Грам. g/l. Грами на литър. HPLC. Течна хроматография под високо налягане. HTH. Helix-turn-helix. IPTG. Изопропил β-D-тиогалактопиранозид. kA. Константа на равновесие (асоциация). kb. Килобаза. kD. Константа на равновесие (дисоциация). Км. Канамицин. LB. Лурия Бертани. NB. Хранителен бульон. NBT. Нитротетразолиум синьо. nt. Нуклеотид N-терминал. Амино-терминал. ONPG. O-нитрофенил-галактопиранозид. ORF. Отворена рамка за четене. стр. Плазмид. П. Промоутър. pb. Основни двойки. PCR. Полимеразна верижна реакция. PDE. Фосфодиестераза. (p) ppGpp. Гуанозин пентафосфат. п/v. Тегло в обем. r. Флуоресцентна анизотропия. А. Устойчив. ЯМР. Ядрено-магнитен резонанс. об/мин. Обороти в минута. единадесет.