Откриване на точки на промяна в митохондриалните ДНК последователности - PDF документ
Документи
Препис на откриване на точки на промяна в митохондриалните ДНК последователности
Откриване на точки за промяна
в ДНК последователности
Нора Мартнес Вилануева
Магистър по статистически техники
Университет във Виго
Откриване на точки на промяна в последователности от
Нора Мартнес Вилануева
Разрешение за доставка
Г-н Хавиер Рока Пардинас и г-н Мигел Мендока Фонсека
Че проектът е озаглавен Откриване на точки на промяна в последователностите на ДНК мита-
хондриал е направен от ДНК. Нора Мартнес Вилануева, с D.N.I. 53179846-
М, под ръководството на г-н Хавиер Рока Пардинас и г-н Мигел Мендока Фонсека.
Този доклад представлява документацията, която, с наше разрешение, предоставя
каза студентът като окончателен магистърски проект.
Хавиер Рока Пардинас Мигел М. Фонсека
Виго, 16 януари 2012 г.
Идентифицирането на мутационните процеси, които засягат ДНК последователностите, е от съществено значение-
за по-добро разбиране на това как се развиват геномите. Механизмът
репликация, по време на която веригите са изложени на големи мутационни щети-
Накрая, той е описан като един от основните източници на пристрастия в композицията
нуклеотидни вериги. В тази работа е представен seq2R, R пакет, който
открива особености в състава на митохондриалните геноми (mtDNA). За
Следователно са приложени техники за изглаждане от ядро, които оценяват индексите
при конструирането на интервали на
увереност за тези оценки. В допълнение, този пакет позволява да се представят graphi-
получените оценки и прави извод за точките на промяна (или
особености) на интерес.
1. Въведение 1
2. Статистическа методология 7
2.1. Алгоритъм за оценка. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.2. Избор на прозорец. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.3. Изчислителни аспекти. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.4. Доверителни интервали. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . единадесет
3. Разработка на софтуер 13
3.1. Функция Read.genbank (). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.
3.2. Функция Read.all (). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . петнадесет
3.3. Функция Change.binary (). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16.
3.4. Функция Change.points (). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.5. Функция plot.change.points (). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19.
3.6. Критична () функция. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19.
4. Изследване на митохондриална ДНК при Homo sapiens 23
Пакет seq2R 33
Повечето еукариотни организми съдържат в клетките си няколко
органели, които са известни с името на митохондриите. Споменатите органели са есен-
за клетъчна активност, тъй като те са отговорни за преобразуването на калориите
че ние включваме в диетата използваема енергия (аденозин трифосфат, АТФ) чрез
на процеса на окислително фосфорилиране (Wallace, 1992). Този процес обаче не е такъв
той е единственият, в който митохондриите се намесват. Например, известно е, че са
участва в биосинтеза на други клетъчни метаболити и в регулацията на
програмирана клетъчна смърт или апоптоза (Orrenius, 2004).
Тези органели са изградени от външна митохондриална мембрана, пространство