Няма данни за хетерозиготни рецесивни и хетерозиготни редки варианти при шизофрения -
Субекти
Обобщение
Доказано е, че рецесивното наследяване на генно-разрушаващи алели, или чрез специфична за мястото хомозиготност, или комбинирана хетерозиготност, е в основата на много болести на Мендел и някои сложни психиатрични разстройства. Въз основа на данни за секвениране на екзома, при аутизъм е идентифициран увеличен товар на пълни варианти на делеция (хомозиготен или комбиниран хетерозиготен). Освен това, когато се използват данни за микроматичност на единичен нуклеотиден полиморфизъм, увеличаването на степента на хомозиготност или автозиготност на потомството е свързано с риска от шизофрения (SCZ). Тук, в голяма шведска проба SCZ за контрол на случая (11 244 индивида, 5079 от които имат налични данни за последователността на екзомите), ние изследваме приноса както на автозиготността, така и на пълните нокаути за риска от заболяване. Не открихме доказателства за връзка с SCZ, нито от целия геном, нито от определени локуси. Ние обаче разглеждаме възможното въздействие на размера на извадката и генетичните фактори на популацията върху способността за откриване и количествено определяне на всяка тежест, която може да съществува.
Въведение
Шизофренията (SCZ) е силно наследствено инвалидизиращо разстройство (h 2
Докато секвенирането позволява директно откриване на точни цели генотипове, степента на автозиготност (хомозиготност по произход) също може да бъде информативна при рецесивни модели. Предишни проучвания са използвали SNP микрочипове за идентифициране на множество мегабазови хомозиготност (ROH), вероятно отразяващи автозиготност, получена от скорошна инбридинг. 13, 14 Проучване на 9 388, предимно европейски случаи на SCZ и 12 456 контроли, показва значителна положителна корелация между степента на ROH на индивида и риска от заболяване. 15 Те обаче не идентифицираха никакви значими отделни локуси.
Тук ние прилагаме двата подхода в голяма шведска популация, базирана на 8, 16 извадка от SCZ случаи и контроли: първо тестваме рецесивния модел индиректно, като сравняваме получената от SNP тежест на ROH в случаите спрямо контролите, и второ, използваме последователност на exome за Директно оценете натоварването на пълните варианти за елиминиране.
Методи
Пример за анализ и генериране на данни.
Пробите бяха получени от националните регистри в Швеция, случаите бяха идентифицирани чрез шведския регистър за освобождаване от болница и контролите бяха избрани на случаен принцип от шведските регистри на населението. Всички субекти бяха надлежно съгласни и институционалните комитети от човешки субекти одобриха изследването. Последователността беше извършена в Broad Institute с помощта на машини Illumina (Сан Диего, Калифорния, САЩ) GAII или HiSeq2000. Заснемането на Exome беше извършено с помощта на версия 1 или версия 2 на комплекта SureSelect Human All Exon от Agilent (Санта Клара, Калифорния, САЩ). Допълнителни подробности относно анализа на пробите и генерирането на данни за последователността са публикувани преди това. 8 BAM и VCF файлове са достъпни от проучването dbGaP phs000473.v1 (//www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000473.v1.p1).
Хомозиготните раси, които те наричат.
Използвахме данни за импутиране от 16 по-рано публикувани SNP от целия шведски набор от данни, които представляват супермножество от индивидите, които са били секвенирани. Ние избираме
55 k SNPs в приблизително свързващо равновесие на висококачествени генотипове, наречени вменена доза в 5001 случая и 6243 контроли. Опитахме се да открием ROH, използвайки PLINK 17 с ROH дължина> 1 Mb конфигурационни параметри, поне един SNP на 100 kb и разпределението на едно хетерозиготно събитие в прозорец 50 SNP, разделяйки разговорите, ако те обхващат 500 kb без маркер . Този метод и избор на параметри представлява тези, предложени в литературата след внимателно сравнение 18 и е много подобен на подхода, използван по-рано за подмножество от тези данни. петнадесет