Автозомно-рецесивни варианти на листа1, свързани с нова генодерматоза с дефекти на

нова

  • Субекти
  • Обобщение
  • Въведение
  • материали и методи
  • Пациенти
  • Генетични изследвания
  • Картографиране на хомозиготността
  • Секвениране и анализ на екзоме
  • Капилярно базирано секвениране
  • Функционални изследвания
  • Клетъчна култура и анализ на зарастване на рани.
  • Извличане на РНК и RT-qPCR в реално време
  • Уестърн петно
  • Анализи за оцеляване на клетките
  • Резултати
  • Генетични изследвания
  • Функционални изследвания
  • Дискусия
  • Присъединяване
  • GenBank/EMBL/DDBJ
  • Допълнителна информация
  • Файлове с изображения
  • Допълнителна фигура
  • Word документи
  • Допълнителна информация

Субекти

  • Генетична вариация
  • Проучвания за асоцииране в целия геном
  • Рак на кожата

Обобщение

Въведение

Въпреки големите стъпки в разрешаването на генетичните причини за човешките заболявания, се появиха нови предизвикателства. Традиционните генетични изследвания преминават от фенотипизиране към генотипизиране. При изследването на редки и сложни заболявания с голяма фенотипна и/или генетична хетерогенност, тази стратегия може да се провали. От развитието на новите технологии, особено последователността от следващо поколение, се появи нов подход към изследването на генетични заболявания, наречен обратен фенотип. 1 Това се състои в разкриване на генетичната причина за заболяване чрез определяне на това кои фенотипове възникват в резултат на определени генетични последователности. Секвенирането от следващо поколение е много мощен диагностичен инструмент при секвениране на екзоми и може да се използва за определяне на генетичните причини за много редки и сложни нарушения. 2 Последователността от следващо поколение също позволява стъпка напред в обратния фенотип. 3 Някои примери за обратния фенотип се появяват в литературата. Четири пет

Дисхроматозата, която се характеризира с наличието на хиперпигментирани и хипопигментирани макули, е пример за рядко и сложно разстройство с голяма фенотипна хетерогенност. При това заболяване са описани два припокриващи се синдрома: наследствена симетрична дисхроматоза (HSD) и наследствена универсална дисхроматоза. 6 Генетичните причини са разнородни и са докладвани както автозомно доминиращо, така и рецесивно наследяване. 6, 7 Причинни хетерозиготни варианти вече са идентифицирани в три гена: SASH1, DSRAD и ABCB6. 8, 9, 10

Тук представяме нов пример за обратен фенотип, който ни позволи да идентифицираме хомозиготни варианти в SASH1 като вероятната причина за нова генодерматоза, покрита с DSH.

материали и методи

Пациенти

Родословие ( да се ), клиничен ( б - з ). Забележете в пробанда (III-6), малките хипо и пигментирани макули по лицето и багажника ( б, ° С, и ), докато анормалният модел на пигментация е по-голям и по-неправилен в крайниците на горните и долните крайници, където има ретикуларен вид ( F, ж ). Също така обърнете внимание на дифузна алопеция на скалпа, миглите и веждите ( б, ° С ), дистрофия на ноктите ( F, ж ), дифузна палмоплантарна кератодермия с лошо определени граници и дебела скала ( д ). Подобни модели съществуват в крайниците на засегнатата сестра III-3 ( з ).

Изображение в пълен размер

Таблица в пълен размер

Засегнатата сестра на пробанд III-3, 39-годишна жена, е имала нормална кожа при раждането. Той е претърпял косопад, който също е засегнал веждите и миглите му на възраст от 6 месеца. Това беше последвано от появата на лющене на дланите на ръцете и стъпалата. Хипопигментирани и хиперпигментирани макули прогресивно се появяват на гърба на ръцете, краката и лицето. На 35-годишна възраст той представи SCC в дясната си предмишница, което изисква ампутация. При последния клиничен преглед на възраст от 38 години той представи хипо и хиперпигментирани шарки на гърба на ръцете и краката (Фигура 1: h), с лека хиперпигментация на краката и предмишниците. В останалата част на тялото няма дефекти на пигментация, но пациентът споменава, че за разлика от засегнатия си брат, тя е била извън слънцето от ранно детство. Тя също имаше суха кожа на стъпалата на краката и дланите с лющене, алопеция и дистрофични нокти, особено ноктите на краката. Зъбните му зъби, космите на пубиса и подмишниците и пубертетът бяха нормални.

Генетични изследвания

Картографиране на хомозиготността

Генотипът на единичния нуклеотиден полиморфизъм (SNP) с геном е извършен при индивиди II.1, II.2, III.3 и III.6, като се използва матрица за картографиране на 250K Nsp на човека (Affymetrix, Санта Клара, Калифорния, САЩ). Данните за изображения бяха обработени с конзолата за генотипиране Affymetrix (GTC v4.1), за да се определят SNP повиквания и да се копират вариации на номера. Картографирането на хомозиготността се извършва с помощта на картографиране на хомозиготност. 11 Разглеждат се само хомозиготни региони с размер над 1 мегабаза.

Секвениране и анализ на екзоме

Капилярно базирано секвениране

Проведено е капилярно секвениране, за да се потвърди хомозиготният вариант SASH1 и да се анализира сегрегацията на варианта в рамките на пет други членове на семейството (родители, засегнатата сестра и двама от незасегнатите братя III-4 и III-7). Номерът на частта на SASH1 беше NM_015278.3.

Функционални изследвания

Клетъчна култура и анализ на зарастване на рани.

Извличане на РНК и RT-qPCR в реално време

Общата РНК беше извлечена с помощта на TRI реагент (Sigma), съгласно протокола на производителя. СДНК от първа верига беше синтезирана от 500 ng обща РНК с помощта на комплекта за синтезиране на cDNA от първа верига на Maxima RT-qPCR от Fermentas (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). Разтворът qPCR в реално време съдържа 2 ng обща транскрибирана обща РНК, 300 nm правата и обратната праймери и SYBR зелен буфер (Fermentas) за краен обем от 20 µl. PCR се провеждат в три екземпляра в 96-ямкови плаки, като се използва LightCycler 480 (Roche). Човешката глицералдехид-3-фосфат дехидрогеназа (GAPDH) се използва като инвариантна контрола. Последователностите на праймерите, използвани за PCR в реално време, бяха SASH-1-For: ACCTGTTTCTCCGACGTGTG, SASH-1-Rev: GCCAAGCGACTCTTCGATCT GAPDH-For: TGCACCACCAACTGCTTAGC, GAPDH-Rev: GGGTGGG.