Анализ на родословието на овцете от Santa Inês и ефектите от инбридинга върху признаците на
Изследователски бележки
Анализ на родословието на овцете на Дядо Коледа и ефектите от инбридинга върху характеристиките на изпълнение
Ана Карла Борхес Барбоса а
Габриели де Souza Romano aВ
Джонатан Михаил ДелВ Solar Velarde aВ
VГctorВ Breno Pedrosa cВ
Лус Фернандо Батиста Пинто а * В
Федерален университет в Баия, Училище по ветеринарна медицина и зоотехника, Av. Adhemar de Barros, 500, Ondina, Salvador - BA, 40170-110. Бразилия.
b Университет на Сао Пауло. Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Бразилия.
c Държавен университет в Понта Гроса. Зоотехнически отдел. Ср. Бразилия.
Ключови думи Предци; Население; Връзка; Променливост
Ключови думи В. Предци; Ефективен размер на популацията; Свързаност; Променливост
Набор от данни
Окончателният набор от данни включва 11 564 животни в родословието, родени между 2003 и 2011 г., което се поддържа от Държавната асоциация на животновъдите на кози и овце в Сергипе (Асоциация на животновъдите на кози и овце в Сергипана - ASCCO). Записаните черти бяха: тегло при раждане (PC1) и на 60 (PC60), 180 (PC180) и 270 (PC270) дневна възраст. Ежедневните печалби на тегло са изчислени от раждането до 60 дни (GDP1), от 60 до 180 (GDP2) и от 60 до 270 (GDP3) дни на възраст.
y е векторът на фенотипните стойности;
b е векторът на фиксирани ефекти на съвременната група и възрастта на ковариантния репродуктор и възрастта на животното;
X е матрицата на честотата, която свързва наблюденията в y с фиксираните ефекти в b;
а е прекият адитивен вектор на случаен ефект;
Z е матрицата на честотата, която свързва наблюденията в y с преките адитивни случайни ефекти в a;
m е векторът на произволния ефект на майчината добавка;
M е матрицата, която свързва наблюденията в y с адитивния ефект на майката в m;
Майчиният компонент Mm е коригиран само за признаци PC1, PC60 и GDP1. Наборът от данни, използван в това проучване, има малък брой телета на овца. Следователно, постоянният ефект на майката и въздействието върху околната среда на котилото бяха тествани, но представляват проблеми като неконвергенция или непоследователни оценки на параметрите. Поради това беше избрано тези ефекти да не се включват в крайния модел. Освен това наборът от данни показва малък брой самородни животновъди и следователно този ефект не е включен в модела.
Предположенията за моделите за анализ могат просто да бъдат представени по следния начин:
Съвременната група (CG) се състоеше от животни от същата ферма (45 нива), пол (мъжки или женски), тип раждане (самотни или близнаци), година (2003 до 2011) и сезон на раждане (сухи или дъждовни). Съвременните групи с по-малко от три животни бяха елиминирани от анализа. Таблица 1 показва броя на CG на даден признак и описателна статистика за всички черти.
Таблица 1: В Размер на пробата (N), брой съвременни групи (CG), средно и стандартно отклонение (SD) на признаците В
| Тегло при раждане | 10232 | 291 | 3.63 | 0,80 |
| Тегло на 60 дни (отбиване) | 6277 | 319 | 15.94 | 5.77 |
| Тегло на 180 дни | 4541 | 403 | 31.9 | 11.16 |
| Тегло на 270 дни | 3328 | 374 | 39.7 | 14.5 |
| Ежедневно наддаване на тегло от раждането до 60 дни | 5786 | 319 | 171,73 | 64,87 |
| Ежедневно наддаване на тегло от 60 до 180 дни | 3229 | 403 | 149,43 | 67,84 |
| Ежедневно наддаване на тегло от 60 до 270 дни | 1863 | 374 | 69.17 | 26,83 |
| Животновъди | 4742 | ---- | ---- | ---- |
| Жребци | 391 | ---- | ---- | ---- |
1 Теглото и наддаването на тегло се измерват в килограми.
Смесеният модел беше използван за тестване на ефекта на инбридинга върху фенотипни стойности:
и i j е фенотипната стойност на признака;
Ој е глобалната средна стойност;
C G i е фиксираният ефект на съвременната група;
О ± i j I е фиксираният ефект от нивото на коефициента на ковариатен инбридинг;
ОІ i j D е фиксираният ефект от възрастта на ковариантните животновъди;
О´ i j A е фиксираният ефект от възрастта на ковариативното животно;
Оі i j G е случаен ефект от стойността на ковариативното потомство;
и i j е стойността на характеристиката на пилото;
Ој е глобалната средна стойност;
О ± i j I е фиксираният ефект от нивото на коефициента на ковариатен инбридинг;
Смесената процедура на софтуера SAS 17 беше използвана за оценка на коефициентите на регресия на инбридинга за всички признаци. Нивото на значимост за обявяване на ефекта от инбридинга е 5%.
Целостта на родословието
Фигура 1В Родословие и ниво на идентификация на предците до третото поколениеВ
Фигура 2: В Средно инбридинг (F), ефективен размер на популацията (Ne) и средни стойности на инбридинг за DWG3 по година на раждане В