Серумен глюкопаттерн и maackia amurensis лектин-II свързващи гликопротеини в

глюкопаттерн

  • Субекти
  • Обобщение
  • Въведение
  • Резултати
  • Промяна на гликопаттера в серумите поради ASD спрямо TD
  • Идентификация на MBG
  • Анализ на генната онтология на MBG
  • Анализ на KEGG Pathway и Protein Interaction Network
  • Предпочитание за мотив на MBG последователност
  • Експресия и сиалогикозилиране на MBG в индивидуални серумни проби
  • Дискусия
  • Материали и методи
  • Одобрение на проучването
  • Субекти
  • Вземане и подготовка на проби
  • Лектинови микрочипове и анализ на данни
  • Серумен микрочип и анализ на данни
  • Изолиране и усвояване на MBG
  • LC-MS/MS анализ
  • Без етикет относително количествено определяне чрез изчисляване на спектрален индекс
  • Извличане на данни и биоинформатика
  • Лектин/глико-антитела микрочипове и анализ на данни
  • Допълнителна информация
  • Допълнителна информация
  • PDF файлове
  • Допълнителна информация
  • Excel файлове
  • Допълнителни таблици
  • Коментари

Субекти

  • Нарушения на аутистичния спектър
  • Биомаркери
  • Glucomics

Обобщение

Инструментите за протеомика позволяват широкомащабен автоматизиран режим на изследване, управляван от технологията, който предоставя възможност за определяне на целия протеом в дадена телесна течност без предварителни предположения за кандидат-молекули 12. Въз основа на това се установи, че общо пет пептидни компонента, съответстващи на четири известни протеина [Apolipoprotein (apo) B-100, Complement factor H-related protein (FHR1), Complement C1q и Fibronectin 1 (FN1)] са по-високи за аутизъм в сравнение с контролите 13. Три потенциални пика на биомаркери показаха m/z съотношения от приблизително 4,40, 5,15 и 10,38 kDa значително диференцираха пробата ASD от контролната група при анализ на цели протеини и непептиди след триптично разграждане 14 .

Изображение в пълен размер

Резултати

Промяна на гликопаттера в серумите поради ASD спрямо TD

Дизайнът на лектиновия микрочип и произтичащите от него гликопатерни на серумните гликопротеини, дефинирани от микрочиповете за групите ASD и TD, са показани на фиг. 2А, Б. Оригиналните данни са импортирани в EXPANDER 6.0 за анализ на йерархичен клъстер (фиг. 2 В) . Нормализираните флуоресцентни интензитети (NFI) и специфичността на свързване на захар за всеки от 37-те лектина от двете групи са обобщени в таблица S1. В резултат на диференциалния анализ пет лектина показват значителни разлики между групите ASD и TD. MAL-II (Siaα2-3 Gal/GalNAc) и MAL-I (Siaα2-3Galβ-1, 4GlcNAc и Galβ-1, 4GlcNAc) показват най-значително увеличени NFI (промяна в пъти = 3,33 и 2,20, p

( ДА СЕ ) Дизайн на лектиновия микрочип. ( Б. ) Изображения на TD и ASD Cy3-белязани серумни протеини, свързани с лектинови микрочипове. Флуоресцентните изображения бяха сканирани със 70% фотоумножителна тръба и 100% настройки на мощността на лазера на конфокален скенер Genepix 40 00B. Част от предметното стъкло е показана с три репликирани лектинови масива. Лектините показаха значителни разлики, маркирани с бели рамки. ( ° С ) NFI йерархичен клъстер анализ за 37 TD-1 лектини

5. Пробите са изброени в колони, а лектините - в редове. Цветът и интензивността на всеки квадрат показват нива на изразяване спрямо останалите данни в реда. Червено, високо; погледнете по-долу; черен, среден. Жълтата и синя рамка отбелязват по-висока и по-ниска интензивност на свързване на лектин при ASD спрямо TD серуми. ( д ) Диференциален анализ на NFI за пет TD-1 лектини

( А, Б ) Идентифициране на пептиди и съответстващите им гликопротеини в TD и ASD серуми чрез LC-MS/MS. ( ° С ) Пропорция на N-гликопротеини (NY) и O-гликопротеини (OY), известни от базата данни UniProtKB/Swiss-Prot и прогнозираните гликопротеини с потенциални места на N-гликозилиране (NP) и потенциални сайтове на O-гликозилиране (OP)) д ) Анализ на пътя на KEGG на идентифицирания GBM (маркиран с червена звезда) в комплементарната и коагулационната каскада 60. Червена стрелка, регулиране нагоре на MBG; зелена стрелка, ниско регулиране на GBM в ASD. Анализ на мрежата за протеиново взаимодействие на идентифицирани GBM (червена сфера), които са регулирани нагоре (червена стрелка) или надолу (синя стрелка) при регулиране ( И ) и отрицателна регулация ( F ) на процесите на стимулна реакция в ASD серуми. ( G ) Възможни мотиви за N-гликозилиране и O-гликозилиране около остатъците от аспарагин и серин за α2-3-свързания сиалилиран гликопептиден домен. WebLogo генерира относителни честотни графики на мотива на значимата последователност. Височините на остатъците са приблизително пропорционални на техните биномни вероятности.

Изображение в пълен размер

Анализ на генната онтология на MBG

Анализ на KEGG Pathway и Protein Interaction Network

Общо 184 от 243 идентифицирани MBG са коментирани в DAVID Bioinformatics Resources (версия 6.7). Тези MBG са картографирани в 6 KEGG пътища с прагове на броене ≥5 и стойност P 30 (допълнителна фигура S1). Честотата на аминокиселините, специфични за позицията, на околните остатъци от аспарагин (13 аминокиселини и в двата термина) бяха сравнени и мотивът [AVH] [KR] xNxxNxSxxxY (където "x" означава всеки остатък, [AVH] и [KR] представлява Бяха идентифицирани няколко аминокиселинни остатъка, които биха могли да се появят в позицията и винетката показва възможен гликозит) като възможен мотив за N-гликозилиране около аспарагина (фиг. 3G). Интересното е, че мотивите xxxxxxQSDxxYK и xxxxxxHGSxSGx бяха значително свръхпредставени (увеличение на пъти = 81,62 и 67,07) в данните на GBM (фиг. 3G), което може да представлява мотиви на O-свързано гликозилиране около серинови остатъци за глиапептидния домен, сиалилиран, прикрепен към α2. За да потвърдите допълнително O-глюкозитите в MBG, все още се нуждаете от много по-подробни проучвания.

Експресия и сиалогикозилиране на MBG в индивидуални серумни проби

Уестърн блотинг се извършва, за да се провери експресията на C8B, серотрансферин (TF), C1QA и APOD в отделни серумни проби. В резултат на това експресията на C8B и TF се увеличава и експресията на C1Q намалява в четири тествани ASD проби в сравнение с четири TD проби, които съответстват на резултатите от MS (фиг. 4А). Експресията на APOD обаче не се различава значително между пробите TD и ASD (фиг. 4А). LGAMs са проектирани да открият α2-3-свързано сиалогликозилиране на C8B, TF, C1QA и APOD в 15 отделни TD и 15 ASD серумни проби (Фиг. 4B). В резултат на това не са открити значителни разлики за C8B, TF и ​​C1QA сиалогикозилиране между две групи. Въпреки това, APOD α2-3 сиолокозилирането беше значително увеличено в проби ASD спрямо TD проби (p = 0.004) (Фиг. 4C). Анализът на ROC кривата разкрива, че серумните нива на α2-3 сиалогикозилиран APOD водят до AUC от 0,88, със специфичност от 86,7% и чувствителност от 80,6% за диференциране на ASD от TD) (фиг. 4D).