Ражда се първият инструмент за проследяване на генома на коронавируса в Испания
NextSpain ви позволява да проследите еволюцията на вирусните сортове в Испания. Болниците и изследователските центрове си сътрудничат, за да следват следите на патогена, достигнал до нас „по няколко различни пътя“.
Публикувано 31.03.2020 г. 20:57 ч. Актуализирано
Специалистите по генетика по целия свят работят неуморно, за да проследят стъпките на коронавируса на SARS-CoV-2 докато се разпространява по целия свят. Тяхната работа е да вземат проби от пациенти и да анализират генома на вируса на всяко място., за да видите как мутира. Това огромно филогенетично дърво се качва в базата данни GISAID и информацията се споделя открито на всички учени по света чрез платформата Nextstrain, инструмент за визуализация, който разкрива някои от най-интересните аспекти на напредъка на пандемията. В Испания има няколко групи, работещи по този анализ. Един от тях е този на професора по генетика Фернандо Гонсалес-Канделас който чрез съвместно изследователско звено между FISABIO и Университета на Валенсия предоставя на тази платформа първите данни, взети от испански случаи. Сега той и екипът му току-що създадоха NextSpain (NextSpain.uv.es), първият инструмент, който позволява споделяне и преглед само на данните, събрани в Испания, който в момента е в тестове.
„Разработваме платформа, която е един вид Nextstrain на Испания- обяснява Гонсалес-Канделас на Возпупули. „И това, което излагаме, са изолатите, включени в Nextstrain от нашата страна, посветени на онези, които се интересуват да наблюдават какво се случва тук“ Досега екипът му е анализирал геномите на 40 проби от вируса при испански пациенти (18 от тях от Мадрид, 9 от Валенсия и останалите от шест други автономни общности), но геномите, анализирани от други екипи, скоро ще бъдат включени. Динамиката на работата се състои в това, че микробиологичните центрове, които извършват диагностични тестове, им изпращат част от генетичния материал, който е останал от тези тестове и с тях екипът анализира РНК на всеки вариант на вируса. "Използваме тази РНК, за да я въведем в друга процедура за молекулярна биология, която след няколко часа или ден в крайна сметка ни дава последователността на пълния геном на вируса. След това го качваме в GISAID, където Nextstrain извлича данните ”, обяснява той.
В момента четиридесет проби "са малко", признава изследователя, но целта му е да има хиляди в рамките на няколко седмици, за да може да се разбере по-добре каква еволюция е имал вирусът у нас и какви са пътищата на навлизане и заразяване. В сравнение с други страни, ние все още сме далеч от 474 проби от САЩ, следвани от 422 от Обединеното кралство и Исландия, които имат 301 (най-голямата пропорция). „Вече имаме заявен проект, който започна да получава финансиране от CSIC,“ казва Гонсалес-Канделас. „Разполагаме и с 40 болници, изследователски център и има интерес към много институции“.
Съвместна работа
Екипът на González-Candelas не е сам в този генетичен скрининг на коронавируса. Този вторник отборът на Мария Иглесиас, на лабораторията за респираторни вируси на Националния център по микробиология (CNM) на здравния институт Карлос III (ISCIII), представи анализ на пълния геном на вируса от няколко десетки респираторни проби от пациенти от различни географски области на Испания. „Публикувахме 14, утре ще добавим още осем и предстоят още 24- обяснява Иглесиас на Возпупули. Това са различни проби, които ще бъдат добавени към картата NextSpain чрез GISAID, където се качват всички анализи. Обещаващото в случая е, че ISCIII, като референтен център, има капацитет за достъп до хиляди проби. Екипът на Iglesias се надява да включи между 24 и 48 вирусни геномни анализа всяка седмица в близко бъдеще..
„Затварянето на границите не е било от полза за предотвратяване на разпространението на пандемията“