Биохимична и функционална характеристика на фактора за транскрипция и сплайсинг PRPF40B - PDF

Университет в Гранада Официална докторска програма по биомедицина Биохимична и функционална характеристика на транскрипционния и сплайсинг фактор PRPF40B Soraya Becerra Ortiz López-Neyra Гранада Институт по паразитология и биомедицина, 2015 г.

фактора

Издател: Университет в Гранада. Докторска дисертация Автор: Soraya Becerra Ortiz ISBN: 978-84-9125-072-2 URI: http://hdl.handle.net/10481/40006

Докторантът SORAYA BECERRA ORTIZ и директорът на дисертацията CARLES Mª SUÑÉ NEGRE, озаглавен БИОХИМИЧНА И ФУНКЦИОНАЛНА ХАРАКТЕРИЗАЦИЯ НА ФАКТОРА ЗА ПРЕПИСВАНЕ И СПЛИЦИРАНЕ PRPF40B: Гарантираме, подписвайки тази докторска дисертация, че работата е извършена от докторанта под посоката на директора на дипломната работа и доколкото знанията ни достигат, при извършването на работата са спазени правата на други автори, които трябва да бъдат цитирани, когато са използвани техните резултати или публикации. Гранада, 28 януари 2015 г. Директор на докторската дисертация Подписано: д-р Carles Mª Suñé Negre Подписано: Soraya Becerra Ortiz

функционални анализи, ние показваме, че PRPF40B също е способен да активира транскрипцията. Ние също така показахме, че мутациите, свързани с миелодиспластичния синдром, драстично намаляват способността за транскрипционно активиране на PRPF40B.

I. СЪКРАЩЕНИЯ 1 II. ВЪВЕДЕНИЕ 7 1. ИЗРАЗЯВАНЕ НА ГЕНИТЕ. ТРАНСКРИПЦИЯ 9 1.1 РНК полимераза 9 1.2 RNAPII CTD 9 1.3 Етапи на транскрипция 10 1.3.1 Иницииране 10 1.3.2 Удължаване 10 1.3.2. Прекратяване 11 1.4 Регулиране на транскрипция 12 2. ОБРАБОТКА НА мРНК 14 2.1 Сплицеозома 14 2.2 Определение на екзон 16 2.3 Алтернативно сплайсинг 17 2.4 Видове алтернативно сплайсинг 18 3. РЕГУЛИРАНЕ НА СПЛИЦИРАНЕ 19 3.1. Cis регулаторни елементи 19 3.2. Регулаторни елементи в транс 19 3.3 Регулаторни механизми на сплайсинг 22 4. ТРАНСКРИПЦИОННО СЪЕДИНЯВАНЕ И СПЛИЦИРАНЕ 25 4.1 Кинетичен модел 25 4.2 Модел за набиране 28 4.2.1 Транскрипционни и сплайсинг коефициенти на свързване 29 4.2.2 Протеини с WW домейни и FF 31 5. ЯДРАТА НА ЕВХАРИЙСКАТА КЛЕТКА 38 5.1 Ядрени петънца 39 5.1.1 Функция на ядрените петънца 40 5.1.2 Състав на ядрените петънца 41 5.1.3 Сигнализиращи домейни към ядрените петънца 42 6. АПОПТОЗА 44 6.1 Външен път 45

6.2 Вътрешен път 45 6.3 Каспази 46 7. АПОТОЗА И СПЛИЦИРАНЕ 48 7.1 Регулиране на фаса 49 8. АЛТЕРНАТИВНО СПЛИЦИРАНЕ И ЗАБОЛЯВАНЕ 51 8.1 Видове промени в сплайсинга 51 8.2 Алтернативно сплайсинг и нервната система 52 8.3 Алтернативно сплайсинг при рака 54 III. ЦЕЛИ 57 IV. МАТЕРИАЛИ И МЕТОДИ 61 1. ПЛАЗМИДИ 63 2. КЛЕТНИ КУЛТУРИ И ПРЕОБРАЗОВАНИЯ 65 2.1 Клетъчни култури 65 2.2 Трансфекции 66 2.3 Инфекция на клетъчни култури 67 3. ПРОЦЕДУРИ НА МОЛЕКУЛАРНА БИОЛОГИЯ 68 3.1 Имунофлуоресценция 68 3.2 Екстракция на РНК и RT-PCR 69 3.3 Екстракция на обща РНК за масивен анализ 71 3.4 Насочена мутагенеза на PRPF40B 72 3.5 Анализи за активност на луцифераза 72 3.6 Тестове за взаимодействие между протеини и протеини in vivo 73 3.7 Анализи за взаимодействие между протеини и протеини in vitro 74 4. ПРОЦЕДУРИ НА КЛЕТЧНА БИОЛОГИЯ 74 4.1 Анализи на клетъчна смърт и клетъчен цикъл 75 4.2 Анексин Анализ на V свързване 75 4.3 Измерване на активността на каспаза-3 75 4.4 Анализ на експресия на мембранен рецептор Fas/CD95 76

2. Характеризиране на структурни елементи, необходими за местоположението на PRPF40B 154 3. PRPF40B взаимодейства със сплайсосомни компоненти SF1 и U2AF 65 156 4. PRPF40B модулира алтернативно сплайсинг 157 5. PRPF40B участва в процеса на апоптоза 159 6. PRPF40B се изразява диференцирано в нервната тъкан и функционира като активатор на транскрипция 159 7. Влияние на PRPF40B в AML 162 8. Прилики и разлики между PRPF40A и PRPF40B 164 9. PRPF40B като съединител на процеси на транскрипция и сплайсинг 165 VIII. БИБЛИОГРАФИЯ 169